U jednom pismu, neposredno nakon Drugog vatikanskog sabora, Tolkien piše: „’Trendovi’ u Crkvi su problematični, osobito za one koji su navikli u liturgiji pronaći utjehu i mir (pax) u razdoblju vremenitih nevolja, a ne samo još jedno poprište svađa i promjena“. Budući da je rođen usred vladavine kraljice Viktorije, i zemaljski i duhovni osjećaj sigurnosti koji je nekoć uživao „postupno su mu bili oduzeti“. I tih godina je „Crkva koju ju nekoć smatrao utočištem, postala zamka. Nema se kamo drugdje otići!” Što učiniti, pita se Tolkien?
„Mislim da nema druge nego moliti se za Crkvu, Kristovu zaručnicu, i za nas same; a u međuvremenu vježbati vrlinu lojalnosti, koja doista postaje vrlina u trenutku kada je netko pod pritiskom da napusti Crkvu“.
Tolkien potvrđuje u pismu da postoje mnogi „različiti elementi u sadašnjoj situaciji“ koji su „zbunjujući, iako zapravo različiti „poput (modernističke) mladeži koja je djelomično nadahnuta dobrim motivima kao što su „protivljenje regimentaciji i depresiji“ i „nisu nužno povezani s drogom ili kultovima lijenosti i prljavštine”. Pišući ovo ’67. ili ’68., teško je ne uključiti u ovaj opis i posljedice Drugoga vatikanskog koncila.
Tolkien je vidio reformu Pija X. kojom je dopuštena redovita pričesti djeci kao „najveću reformu našeg vremena“, smatrajući da „nadmašuje sve, koliko god bilo potrebno, što će Koncil postići“. Tolkien je bio duboko odan Presvetom Sakramentu. „Od početka sam se zaljubio u Presveti Sakrament i Božjom milošću nikad se više nisam odvojio.“, piše Tolkien u jednom pismu. Za Tolkiena je najupečatljivija stvar u vezi s Katoličkom Crkvom bila ta što je ona jedina koja je „ikad branila Presveti Sakrament, davala mu najveću čast i stavljala ga (kao što je Krist jasno namjeravao) na prvo mjesto“. Pokazivanje nepoštovanja prema Euharistiji i teologiji žrtve koje je uslijedilo nakon uvođenja Novus Ordo mise mora da ga je duboko uznemirilo.
Filolog Tolkien je ministrirao na latinskoj misi i u svojoj odrasloj dobi: „O. Gervase Mathew drži misu u dominikanskoj crkvi u četvrti Blackfriars, u Londonu, u subotu u osam sati ujutro, a ja ću ministrirati“, napisao je 1945., a 1963. godine u vezi mise zadušnice za C.S. Lewisa napisao je: „Jutros smo bio na sv. misi i ministrirao sam”. U pismu koje piše Christopheru kaže da redovito moli molitve kao što su Gloria Patri, Laudate Dominum i Sub tuum na latinskom. „Također je dobra i divljenja vrijedna stvar znati napamet misni kanon, jer to možeš reći u svom srcu ako te ikad teška okolnost spriječi da slušaš misu”. Nepoštivanje latinskog liturgijskog nasljeđa nedvojbeno je bilo teško za nekoga tko je bio tako intimno upoznat s ljepotom katoličkog obreda.
Simon Tolkien prisjetio se u jednom intervju 2003. koliko je njegov djed bio privržen latinskoj liturgiji:
„Živo se sjećam da sam išao s njim u crkvu u Bournemouthu. Bio je pobožni rimokatolik i išli smo skupa ubrzo nakon što je Crkva promijenila liturgiju s latinskog na engleski jezik. Moj djed se očito nije složio s tim i sve je odgovore vrlo glasno izgovarao na latinskom dok je ostatak zajednice odgovarao na engleskom. Smatrao sam tada da je cijelo iskustvo bilo prilično mučno, ali moj djed toga nije bio svjestan. Jednostavno je morao učiniti ono za što je vjerovao da je ispravno“.
Tolkien je također vidio destruktivne tendencije stavljanja tradicionalne liturgije u antikvarijat. Jedno dugačko pismo također sadrži komentare o onome što je Tolkien (i mnogi drugi) vidio kao protestantizaciju Katoličke Crkve:
„’Protestantsko’ traženje ‘jednostavnosti’ i direktnosti – koje je, naravno, iako sadrži neke dobre ili barem razumljive motive, pogrešno i doista uzaludno. Budući da je ‘primitivno kršćanstvo’ sada i usprkos svim ‘istraživanjima’ zauvijek ostaje uglavnom nepoznato; jer ‘primitivnost’ nije jamstvo vrijednosti, te jest i bila je velikim dijelom odraz neznanja“.
S obzirom na razvoj doktrine, Tolkien se osvrće na analogiju stabla koju koristi G.K. Chesterton i drugi književnici da bi opisali kako su rast i kontinuitet kompatibilni. Prema Tolkienu „naš Gospodin nije namijenio Crkvi da bude statična ili da ostane u vječnom djetinjstvu; nego da bude živi organizam (uspoređen s biljkom), koji se razvija i mijenja u vanjštini interakcijom svog naslijeđenog božanskog života i povijesti“. Tolkien priznaje da na neki način „nema sličnosti između ‘zrna gorušice’ i stabla“. Ipak, „za one koji žive u danima razgranatog rasta, ono predstavlja produkt rasta, jer je povijest bića dio njegovog života, a povijest božanskog bića je sveta“. Drugim riječima, jednom kad Crkva dosegne stadij „stabla“, ne može se pozivati na fazu sjemena kao ispriku za promjene koje su zapravo u diskontinuitetu s njezinim rastom: „Mudri možda znaju da je počelo sa sjemenom, ali je uzaludno je pokušavati ga iskopati, jer više ne postoji, a vrlina i moći koje je imao sada borave u deblu stabla“. Čuvari baštine moraju biti još oprezniji u vršenju svoje zadaće:
„U uzgoju stabla, čuvari vlasti moraju se brinuti o njemu, u skladu s mudrošću koju posjeduju, podrezivati ga, uklanjati usahle grane, osloboditi ga parazita, i tako dalje. (Sa strepnjom, znajući koliko je malo njihovo znanje o rastu!) Ali oni će sigurno učiniti štetu, napose ako su opsjednuti željom da se vrate u sjeme ili čak u prvu mladost biljke kada je bila (kako oni zamišljaju ) lijepa i nepogođena zlima. Drugi motiv (sada toliko pobrkan s primitivističkim, čak i u glavama bilo kojeg od reformatora) aggiornamento (lat. posadašnjivanje, ažuriranje) predstavlja ozbiljnu opasnost, kao što je bilo očito kroz povijest. Ekumenizam čini dio te zbrke“.
To ne znači da Tolkien nije imao srca za braću kršćane. Naprotiv, on je pozdravio napore da se iscijele povrede jedinstva, ali je otkrio da je napredak koji je Crkva činila prema modernom svijetu i drugim denominacijama često bio neučinkovit:
„Suosjećam s onim razvojima koji su strogo ‘ekumenski’, koji se tiču drugih skupina ili crkava koje sebe nazivaju (a često i jesu) ‘kršćanskima’. Beskrajno smo se molili za kršćansko ponovno ujedinjenje, ali teško je vidjeti, ako se bolje razmisli, kako bi se to uopće moglo dogoditi. Povećanje ‘milosrđa’ je ogroman dobitak. Kao kršćani, oni vjerni Kristovom namjesniku moramo ostaviti po strani ljutnju koju kao obični ljudi osjećamo zbog ‘drskosti’ naših novih prijatelja (posebno Anglikanske crkve). Oni nas često tapšu po ramenu, ali nisu napustili svoju aroganciju, oholost i separatizam. Moram reći da još nisam sreo ‘protestanta’ u ovoj zemlji koji bi pokazao ili izrazio bilo kakvu spoznaju i želju za upoznavanje naših stavova: prijašnjih ili modernih, niti ih zanima zašto je došlo do mučenja katolika, protukatoličkih knjiga i svega ostaloga. Je li ikada spomenuto da rimokatolici još uvijek pate od progona koji nije primjenjiv ni na Židove? Kao čovjeku čije je djetinjstvo bilo zamračeno progonom, teško mi je to. Ali milosrđe mora pokriti mnoštvo grijeha!“.
Još jedan rijedak i važan odlomak može se pronaći u kasnije objavljenim rukopisima vezanim uz Tolkienovu knjigu Silmarillion. Ovaj se odlomak nalazi u knjizi memoara, a vezan je uz blisku suradnju Clydea Kilbyja s Tolkienom u ljeto 1966. godine. „Knjiga nudi nevjerojatan uvid u Tolkiena čovjeka i Tolkiena tvorca mitova”, napisao je Bradley Birzer 2015., ističući da „otkriva mnogo o Tolkienovoj osobnosti”. Velik dio Kilbyjeve knjige ostao je neobjavljen. Birzer je, međutim, podijelio ovaj odlomak s Kilbyjevih neobjavljenih stranica:
„Najgora mrlja bila je ono što je on uporno smatrao duhovnim propadanjem svoga vremena, a posebno Rimokatoličke Crkve, čiji je bio pobožni član. Crkva, rekao je, ‘Crkva koju ju nekoć smatrao utočištem, sada je postala zamka’. Bio je užasnut što čak i na sv. misi mogu prisustvovati ‘prljava mladež, žene u hlačama i često zapuštene i nepokrivene kose’ i, što je bilo još gore, užasna patnja koju su zadali ‘glupi, umorni, pa čak i loši svećenici’. Anegdota koju sam čuo uključivala je njegovo prisustvovanje misi nedugo nakon Drugog vatikanskog sabora. Kao stručnjak za latinski nije odobravao ukidanje latinskog u korist engleskog jezika. Ali kad je sljedeći put došao na euharistijsku službu i sjeo na sredinu klupe, počeo je primjećivati druge promjene osim jezika, a to je da se smanjilo klečanje. Njegovo razočaranje je bilo takvo da je ustao i nezgrapno se probio do prolaza i tamo se triput vrlo nisko naklonio, a zatim izašao iz crkve“.